算定基礎期間中に役職変更などで、新旧の手当が重複して支給される場合は、新しい方の手当をその月の報酬額とします。
管理職への昇進に伴い、初月に前月実績分の残業手当と管理手当が重複して支給されるパターンです。
その場合は、残業手当を除外した金額を報酬額とします。
（例）
5月に管理職へ昇進
5月25日の給与に管理手当と、4月実績分の残業手当が支給
管理手当と残業手当が重複してしまい、報酬が実態から離れたものになってしまうため、この場合は、旧手当となる残業手当を除外します。
日本年金機構の算定基礎届関係Q&Aには、
「給与や諸手当が、翌月払いから当月払いに変更された場合、変更月に支給される給与等に重複分が発生しますが、制度変更後の給与等がその月に受けるべき給与であるとみなして、変更前の給与は除外した上で4，5，6月の平均額を算出し、標準報酬月額を算定します」と記載があります。
まれなパターンなので備忘録としてメモしておきます。